Dengan perubahan tata kelola Pondok Pesantren yang semakin baik dan proses pembelajaran Madrasah Diniyah Salafiyah Ula yang semakin tertib, maka pesantren ini mampu mendirikan Madrasah Non Formal tingkatan Tsanawiyah (Wustho) pada tahun 2005. Namun karena jumlah santri Pondok Pesantren tinggal sedikit dan Madrasah Diniyah Salafiyah Ula belum memiliki embrio calon santri baru sebagai jaminan berlangsungnya pendidikan Non Formal, maka dipandang perlu untuk memajukan TPQ dengan mereformasi pengurusnya kemudian mensinergikan tata kelolanya dengan manajemen Madrasah Diniyah Salafiyah (Non Formal), dengan demikian diharapkan santri TPQ yang sudah khatam (wisuda) dan mampu membaca Al-Quran dengan benar juga dapat mempelajari makna kandungannya dengan masuk menjadi santri Madrasah Diniyah Salafiyah (Non Formal). Seiring perkembangan Madrasah ini maka masyarakat sekitar mendesak Pesantren untuk juga menerima putri mereka sebagai santri Madrasah Diniyah Salafiyah (Non Formal) pada tahun yang sama, yaitu 2005.