Tepatnya pada jam 14.00 WIB. hari Jumat Legi 22 Agustus 1947 M / 05 Syawal 1366 H. Kyai Istad Djanawi juga mendirikan lembaga pendidikan Madrasah yang sebagian besar pembelajarannya menggunakan mata pelajaran yang berbasis pada kitab-kitab Salafi (klasik) dan dibagi mejadi empat kelas, yaitu kelas masjid, Ndalem Kyai Istad, Ndalem Kyai Ahmad, dan rumah Gandhok, dengan tujuan menertibkan pendidikan para pemuda pemudi dusun Tawar dan sekitarnya yang setiap hari datang bermalam sebagai santri Kalong (sore datang pagi pulang) untuk mengikuti pengajian Bandongan (ustadz menerangkan sebuah kitab dan murid mendengarkan). Kemudian baru pada tahun 1955 beliau berhasil membangun sebuah gedung yang berdinding tembok di bagian bawah dan Gedhek (anyaman bambu) di bagian atasnya yang berjumlah empat kelas di depan masjid untuk kegiatan pembelajaran Madrasah yang didirikannya.
Untuk mengembangkan madrasah yang dirintisnya, Kyai Istad Djanawi juga menyiapkan kader guru dengan menyekolahkan beberapa keluarga dan santri beliau yang antara lain Kyai Ahmad Maina, KH Sulaiman Afandi, dan Kyai Imam Syafii kepada Kyai Bahri Masyhud dan memondokkan mereka keluar daerah, dengan maksud kelak mereka menjadi guru yang dapat mengembangkan madrasah yang didirikan oleh Kyai Istad Djanawi setelah mereka selesai dari menuntut ilmu.
Setelah Kyai Istad Djanawi wafat pada tanggal 5 September tahun 1959 kepemimpinan pengelolaan Madrasah dipegang oleh KH. Sulaiman Afandi (putra Kyai Istad Djanawi). Di tangan beliau Madrasah peninggalan ayahandanya ini berubah menjadi Madrasah Ibtidaiyah Formal setelah mendapatkan Pengakuan Kewadjiban Beladjar dari Kepala Kantor PENDIDIKAN AGAMA DAERAH SWATANTRA tingkat 1 Djawa Timur, Djawatan Pendidikan Agama RI (Depag saat itu, Kemenag saat ini) pada tanggal 1 April tahun 1960, dan beliau berusaha mengembangkannya dengan merekrut beberapa tenaga pendidik yang berkualitas dari beberapa alumni pondok pesantren di Jombang dan Mojogeneng disamping memaksimalkan guru yang ada hasil kaderisasi sang ayah.
Adapun yang ditunjuk sebagai kepala MI setelah KH. Sulaiman Afandi secara berurutan sebagai berikut :
1. Bpk Abdul Salam (1965 - 1976)
2. Bpk Amin Syafií (1976 - 1978)
3. Bpk Abdul Aziz (1978 - 1983)
4. Bpk Abdul Salam (1983 - 1999)
5. Bpk Musthofa S.Pd.I (1999 - 2016)
6. Bpk Bukhori S.Pd.I (2016 Sampai sekarang)